Le traitement biologique dit « à boues activées » utilise les micro-organismes ou bactéries naturellement présents dans l’eau pour transformer et dégrader les matières organiques. Moins dangereux pour l’homme et la nature, que les procédés nécessitant l’adjonction de produits chimiques, il permet de rejeter les eaux traitées directement dans le milieu naturel ou de réutiliser l’eau en irrigation souterraine pour le jardin.
« Différents types d'effluents sont rejetés par une habitation : on appelle eaux grises, les eaux provenant des lavabos, lave-linge, douche, etc. et eaux vannes, les eaux rejetées par les toilettes, ces dernières sont responsables à elles seules de 60 % de la pollution à traiter. Ces eaux usées contiennent des matières organiques, azotées et phosphorées, des micro-organismes pathogènes et des matières en suspension pouvant provoquer maladies, pollution organique et eutrophisation. Leur traitement permet donc d'éliminer ces risques et de sauvegarder les milieux naturels »
Depuis quelques années, on constate que de plus en plus de micro-stations d’épuration sont installées en France. Les micro-stations sont un système individuel d’assainissement des eaux usées de la maison moderne et très performant.